Existen diversas especies de flora de acuerdo con la región de que se trate: en las partes altas predominan el pino,roble,encino,arrayán;en los valles hay especies forrajeras y frutales como mango,papaya,tamarindo,palma de coco,melones,plátanos,limones,sandia(roja y amarilla);mientras que la costa cuenta con guamuchil,guayacán,mezquite,chicalite,crucillo y mangle.
Respecto a la fauna de colima existe una extensa variedad de fauna silvestre tales como la ardilla,jabalí de collar,venado cola blanca,ocelote,tigrillo,zorra en las sierras;mientras que en los valles hay especies como tapacaminos,torcaza,zanate,tlacuache,tzentzotle,conejo y coyote,entre otros.La fauna marina esta conformada por pez dorado,tiburón,cornuda,aguijón,tortuga de carey y muchos mas.
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